Le conflit porte sur quatre manuels d'instruction civique à l'usage de l'école laïque nouvellement instituée, accusés à la fois de relativisme moral, de bafouer le principe de neutralité scolaire et de promouvoir une image hostile de l'Église catholique. À travers cette controverse, l'Église cherche à mener une campagne de défense contestataire contre la loi Ferry qui supprime le catéchisme de l'école et le remplace par les cours d’« instruction morale et civique » prévus dans l’article premier des programmes de l’école primaire.
Cette « guerre des manuels » met aux prises le gouvernement, les préfets et l'épiscopat français à l'échelon national, et certains prêtres, instituteurs et maires à l'échelon local. Du côté du clergé catholique, elle donne lieu à des confiscations de livres de morale laïque — allant quelquefois jusqu'à l'autodafé — et des refus de sacrements pour inciter les fidèles à retirer leurs enfants des « écoles mauvaises ». Le ministère des Cultes, quant à lui, profite du Concordat de 1801 pour suspendre le traitement des ecclésiastiques les plus intransigeants.
Ces tensions n'ont toutefois pas lieu dans toutes les régions de France et elles perdent en intensité grâce au retour de Jules Ferry à la présidence du Conseil et aux démarches d'apaisement du pape Léon XIII et des évêques les plus modérés. En cela, la « première guerre des manuels » se distingue de la « seconde guerre des manuels » qui aura lieu vingt-cinq ans plus tard, pendant la guerre scolaire de 1907-1914, et qui sera bien plus virulente.
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